Das Stadtmuseum im Kornhaus zeigt wichtige Exponate aus der 900-jährigen Geschichte Tübingens. Im Erdgeschoss und im ersten Stock werden Wechselausstellungen zu Themen aus der Stadtgeschichte, zu wichtigen Persönlichkeiten und Kunstschaffenden, der aktuellen Stadtentwicklung und zur allgemeinen Kunst- und Kulturgeschichte gezeigt. Im zweiten und dritten Stockwerk wird die Dauerausstellung zur Geschichte Tübingens als ein "stadthistorischer Spaziergang" präsentiert. Sie folgt einer chronologischen Gliederung und stellt wichtige Ereignisse aus der Stadtgeschichte vom 15. bis ins 20. Jahrhundert dar. Zu den Themen gehören Schloss, Stiftskirche, Rathaus, Marktplatz, Universität, die Industriezeit, die Entwicklung der demokratischen Parteien und die Studentenhäuser.
Das Dominikanermuseum gliedert sich in eine römerzeitliche Abteilung und eine Sammlung mittelalterlicher Kunst. Die Römerzeit wird repräsentiert durch umfangreiche Funde aus den über das Stadtgebiet Rottweils verteilten Kastellen und dem Municipium Arae Flaviae, der einzigen römischen Zivilsiedlung im heutigen Baden-Württemberg mit Stadtrecht.
Das Stadtmuseum ist aus der Altertümersammlung des 1831 gegründeten Archäologischen Vereins (heute Rottweiler Geschichts- und Altertumsverein) hervorgegangen und ist seit 1884 im Haus Herder untergebracht. Es verfügt über reichhaltige kulturgeschichtliche Bestände mit Zeugnissen aus der Geschichte der ehemaligen Reichsstadt und ihrer Umgebung vom frühen Mittelalter bis ins 19. Jahrhundert.
Das im Institut für Informatik der Universität Tübingen eingerichtete Computermuseum zeigt eine Sammlung an Computern von 1970 bis 1999, die die Entwicklung jenseits der Großrechner zum Mini-Computer, Heimcomputer oder Personal Computer dokumentieren.